Der estnische Fußballverband (EJL, Eesti Jalgpalli Liit) wurde am 14. Dezember 1921 gegründet.
Der EJL wurde von neun Vertretern (Bernhard Abrams, Karl Akel, William Fiskar, Julius Reinans, Oskar Raudsep, Otto Silber, Heinrich Roost, Verner Eklöf und Vladimir Tell) von drei Vereinen (Eesti Spordiselts Tallinna Kalev, Tallinna Jalgpalli Klubi und Võimlemisselts Tallinna Sport) gegründet. Der erste Vorsitzende des Verbands war Gustav Laanekõrb.
Der EJL trat 1923 der FIFA und 1992 der UEFA bei. Während der Zeit der sowjetischen Okkupation nach dem Zweiten Weltkrieg wurde der Verband aufgelöst und seine Tätigkeit wurde am 3. Dezember 1988 wiederhergestellt.
Heutzutage ist der EJL die größte Sportorganisation Estlands, die für die Organisation der Arbeit von 14 verschiedenen Nationalmannschaften und deren Heimspiele verantwortlich ist, die estnischen Meisterschaften der Erwachsenen und Jugendlichen sowie verschiedene Pokalmeisterschaften veranstaltet, Schiedsrichter und Trainer ausbildet, Vereine und Spieler lizenziert, Regelwerke erarbeitet, Infrastruktur entwickelt usw.
Laut den Angaben des estnischen Sportregisters (Eesti Spordiregister) gibt es in Estland 236 verschiedene Vereine und insgesamt 21.573 Fußballer.