Estlands erste Fluggesellschaft Aeronaut wurde am 22. März 1921 gegründet, und der Flugverkehr begann mit einem gemieteten Flugzeug Sablatnig P III für einen Postflug nach Finnland. Im August des folgenden Jahres wurde das erste von sechs unter Lizenz gebauten Flugzeugen des Typs Sablatnig P III in der Fabrik Dvigatel gebaut und die übrigen wurden im darauffolgenden Monat fertiggestellt. Aeronaut baute 1922 auch einen Stahlbetonhangar auf dem Flugplatz in Lasnamäe.
Das offizielle Geburtsdatum des Tallinner Flughafens ist der 20. September 1936, als am Ufer von Ülemiste See eine dreieckige Betonlandebahn eröffnet wurde, die es Flugzeugen ermöglichte, bei jeder Windrichtung und zu jeder Jahreszeit zu landen. Die ganzjährige Flugverbindung Tallinns mit der Welt war damit sichergestellt.
Wie die berühmtesten Flughäfen der Welt wurde auch der Tallinner Flughafen, das Tor Estlands zur Welt, nach einem der bedeutendsten Politiker der estnischen Geschichte, Lennart Meri, benannt. Den passenden Namen erhielt der Flughafen am 29. März 2009, anlässlich des 80. Geburtstages von Lennart Meri.